保密协议和竞业限制协议虽然都旨在保护企业的商业秘密，但它们在多个方面存在明显的区别：
产生方式和适用对象
保密义务是一种法定义务，适用于所有在职员工，无论是否签订了保密协议。员工必须保守企业的商业秘密，无论是否明确约定。
竞业限制义务是一种约定义务，仅在劳动合同中明确约定或通过签订竞业限制协议的情况下存在。主要适用于高级管理人员、高级技术人员等知悉企业商业秘密的关键岗位人员。
义务内容和期限
保密义务要求员工不得泄露企业的商业秘密或与知识产权相关的保密事项，期限由劳动关系双方协商确定，没有法律限制。
竞业限制义务要求员工在约定期限和地域范围内，不得加入竞争企业或从事相同或类似业务，期限通常为离职后2年，最长不超过法律规定。
经济补偿和违约责任
保密义务不要求经济补偿，但违反保密义务可能导致刑事责任。
竞业限制义务用人单位必须支付经济补偿，如员工离职前平均工资的20%-50%。违反竞业限制约定时，员工需按约定向用人单位支付违约金。
就业权的限制
保密义务用人单位不能以保密义务为由限制员工的就业自由。
竞业限制义务员工在履行竞业限制义务期间，其就业权受到限制，因为竞业限制主要针对离职后的行为。
法律适用和调整
竞业限制主要由当事人之间意思自治，受劳动法和民法调整。
保密协议不但受劳动法、民法调整，还受刑法的规范与调整。
法律后果
保密协议违反主要是违约金的赔偿。
竞业限制协议违反时，除了违约金外，还可能涉及禁止员工离职后进入竞争公司。
总结：
保密协议和竞业限制协议在产生方式、适用对象、义务内容和期限、经济补偿、就业权限制以及法律适用和调整等方面均有显著不同。保密协议更侧重于保密义务，而竞业限制协议则侧重于对员工离职后行为的限制。企业在制定相关协议时，应根据实际需求选择合适的工具，并确保遵守相关法律规定。