股权转让印花税的计税依据是 产权转移书据所列的金额，不包括列明的增值税税款。具体来说，根据《印花税法》第五条第二款的规定，应税产权转移书据的计税依据为产权转移书据所列的金额。同时，《财政部 税务总局关于印花税若干事项政策执行口径的公告》（财政部 税务总局公告2022年第22号）也明确指出，纳税人转让股权的印花税计税依据，按照产权转移书据所列的金额（不包括列明的认缴后尚未实际出资权益部分）确定。
此外，如果股权转让协议中未明确列出股权转让的总金额，那么可以根据实际结算的金额来确定印花税的计税依据。
综上所述，股权转让印花税的计税依据主要是产权转移书据上所列的金额，且不包括明确列出的增值税税款。在实际操作中，如果协议中未明确金额，则需根据实际结算金额或市场价格来确定。