加班工资基数的确定方法如下：
劳动合同有明确约定的情况
如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班费计算基数，并且该约定不低于当地月最低工资标准，则应按此约定执行。
劳动合同没有明确约定的情况
如果劳动合同中没有明确约定工资数额，或者约定不明确，则应以劳动者实际获得的月收入为准，并扣除非常规性奖金、福利性、风险性收入等项目后的正常工作时间的月工资作为加班工资的计算基数。
如果工资是打包支付的，或者双方形式上约定的“正常工作时间工资”标准明显不合理，且有证据证明用人单位恶意将本应计入正常工作时间工资的项目归入非常规性奖金、福利性、风险性收入等项目中，可以按照劳动者实际收入的70%进行适当调整。
地方规定
各地可能有不同的司法实践裁判口径，因此在实际操作中，应当关注当地的司法实践和指导性文件。
实际发放工资与约定工资不一致的情况
如果用人单位与劳动者在劳动合同中约定了加班费计算基数，但实际发放的工资标准高于或低于原约定工资标准，可以视为双方变更了合同约定的工资标准，以实际发放的工资标准作为计算加班费的基础。
综合计算工时工作制
对于实行综合计算工时工作制的用人单位，在综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并按《劳动法》第44条第1款的规定支付工资报酬。综合计算周期内的月平均工资可以作为加班费计算基数。
计件工资制度
对于实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。
通过以上方法，可以确定加班工资基数，并确保加班工资的支付符合法律法规的要求。