招标机构代理服务费的收费标准主要依据《招标代理服务收费管理暂行办法》（计价格〔2002〕1980号）附件《招标代理服务收费标准》的规定，并结合市场实际情况进行调整。以下是具体的收费标准：
货物招标
中标金额100万元以下：1.5%
中标金额100-500万元：1.1%
中标金额500-1000万元：0.8%
中标金额1000-5000万元：0.5%
中标金额5000-10000万元：0.25%
中标金额10000-100000万元：0.05%
中标金额1000000万元以上：0.01%
工程招标
中标金额100万元以下：1%
中标金额100-500万元：0.7%
中标金额500-1000万元：0.55%
中标金额1000-5000万元：0.35%
中标金额5000-10000万元：0.2%
中标金额10000-100000万元：0.05%
中标金额1000000万元以上：0.01%
服务招标
中标金额100万元以下：1.5%
中标金额100-500万元：0.8%
中标金额500-1000万元：0.45%
中标金额1000-5000万元：0.25%
中标金额5000-10000万元：0.1%
中标金额10000-100000万元：0.05%
中标金额1000000万元以上：0.01%
此外，对于单独提供编制招标文件（有标底的含标底）服务的，可按规定标准的30%计收。招标代理服务收费按差额定率素进法计算，例如：某工程招标代理业务中标金额为6000万元，计算招标代理服务收费额如下：
100万元×1.0%=1万元
（500-100）万元×0.7%=2.8万元
（1000-500）×0.55%=2.75万元
（5000-1000）×0.35%=14万元
（6000-5000）×0.2%=2万元
合计收费=1+2.8+2.75+14+2=22.55万元
需要注意的是，服务费限价参照《招标代理服务收费管理暂行办法》（计价格〔2002〕1980号）附件《招标代理服务收费标准》有关规定标准下浮，但不得超过15%，否则按无效报价处理。
建议在实际操作中，招标代理服务费的收费标准应结合具体项目的实际情况和招标代理机构的定价政策来确定，并确保符合相关法律法规的要求。