工程决算审计的收费标准主要包含基本收费和追加收费两部分，具体标准如下：
基本收费
基本收费一般定为建设单位送审总造价的0.1%至0.3%左右。
基本审计费按单项工程总投资额计取，不管有无审减（增）额都的计取，是保底的。
追加收费
追加收费一般定为中价机构审减金额的4%至9%左右。
审减付费按照项目审减额及送审额对应的付费比例核算。
其他费用
对于联合体项目，工程造价咨询企业和会计师事务所按7:3比例分配服务费，复杂、专业性强的项目双方可协商确定分配比例。
跟踪项目除依上述标准收取决算审查费用外，还将依据跟踪时点的工作记录，按照劳务费标准额外收取跟踪审查费用，不足5000元按5000元计费。
最低收费标准
若计算结果低于3000元，则按3000元收取。
计算方式
基本审计费按单项工程总投资额计取，审减（增）额审计费按审减（增）额减允许额的余额计取。
建议：
在具体实施时，审计机构应根据项目的复杂程度、专业性以及建设单位的要求，合理确定收费标准和分配比例，并在审计合同中明确双方的权利和义务。
建设单位在支付审计费用时，应严格按照合同约定和相关规定进行，确保费用支付的合规性和透明度。