土地性质变更的流程主要包括以下几个步骤：
申请
用地者应当以书面形式编制变更土地登记申请书，详细阐述变更的法律依据以及具体需求，并需随附相关证明文件作为支持。
申请人向国土管理部门提出书面申请，并提供相应的材料。
受理与审查
当地国土管理部门收到申请之后，需要对被申请的土地进行审查，包括对申请人所提交的资料进行审核，如果申请人所提交的材料齐全，国土管理部门才会予以受理。
县级以上国土资源局土地利用部门、地籍管理部门对办理改变土地用途的单位或个人提交的有关资料进行审查，对申报资料齐全的，符合申请条件的，予以受理。
实地调查与审核
根据土地变更登记申请所涵盖的实质内容和项目，进行实地上门审查核实，并对地籍进行精确测量。
对土地使用者土地变更登记申请的内容项目进行实地调查审核权属并进行地籍测量。
审批
审批通过后，进行公告和审批。
土地用途和出让年限确定后，可根据新旧土地用途、出让年限和批准时的土地市场价格水平，确定应补缴的土地出让金额。
登记与发证
在完成以上步骤，确保审核结果无误后，更新土地证书。
申请人在缴纳相关费用之后，土地变更就完成了。
地籍管理部门领取该宗地土地使用权批准文件后，通知申请人领取批件手续，并办理土地变更登记手续。
其他相关手续
改变土地用途应依循以下程序：取得出让方和城市规划行政主管部门的同意，签订土地使用权出让合同变更协议或重新签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让年限，并相应调整土地使用权出让金。
建议在变更土地性质时，咨询专业的法务团队或当地国土管理部门，以确保流程的合规性和顺利进行。