土壤中的微生物种类繁多，主要包括以下几类：
细菌：
细菌是土壤中最丰富的微生物类群，每克土壤中可达数亿个。它们参与有机质的分解、固氮等过程，支持植物生长，并且种类丰富，可以根据生存条件分为土生和外来两类。
放线菌：
放线菌具有细菌和真菌的特性，以其产生抗生素的能力而闻名，能够有效抑制其他微生物的生长。它们在土壤的天然抗病性和分解有机物方面发挥着重要作用。
真菌：
真菌的生物量在土壤微生物中仅次于细菌，广泛参与养分的吸收和土壤团聚体的形成。某些真菌种类能够与植物根系形成共生关系，帮助植物吸收土壤中的磷和氮。
藻类：
土壤中的藻类（包括绿藻和硅藻等）通过光合作用合成有机物，并都是重要的氮固定者。
原生动物：
原生动物是土壤中的微型动物，以一些细菌为食，并在调节细菌数量方面发挥着重要作用。
病毒：
噬菌体是细菌的病毒，在土壤微生物群落中数量虽少，却极具影响力。它们通过感染细菌来调节细菌种群的数量，对土壤生态的平衡起到潜在的作用。
线虫：
线虫在土壤中以细菌、真菌和其他微生物为食，促进死亡有机体的分解，同时也是土壤健康的重要指标。
这些微生物在土壤的形成发育、物质循环、肥力演变和植物生长等方面发挥着重要作用。它们的存在和健康对土壤质量和农业生产具有重要意义。