立案侦查程序包括以下步骤：
接受
公安机关、人民检察院或人民法院对于报案、控告、举报和自首的材料进行接待和收留。
审查
对接受的材料进行核对、调查，确定是否符合立案条件，是否属于受案机关的管辖范围。
审查内容包括犯罪事实是否存在、是否需要追究刑事责任以及是否属于受案机关的管辖范围。
处理
如果认为有犯罪事实，应追究刑事责任且属于受案机关的管辖范围，则予以立案，并制作《立案报告书》。
如果认为没有犯罪事实，或犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，则不予立案，并制作《不予立案通知书》。
对于不属于自己管辖的案件，应当移送主管机关处理，并通知报案人、控告人、举报人。
侦查
立案后，侦查机关进行侦查，包括询问犯罪嫌疑人、证人、被害人，勘验、检查、搜查，扣押物证、书证，鉴定，通缉，拘传，取保候审，监视居住，拘留，逮捕等措施。
侦查终结后，侦查机关认为案件事实已经查清，证据确实充分，足以认定犯罪嫌疑人是否犯罪和应否对其追究刑事责任，决定结束侦查，依法对案件做出处理或提出处理意见。
补充侦查
如果侦查过程中发现证据不足或需要补充侦查，侦查机关可以决定补充侦查，并通知人民检察院。
以上是立案侦查的基本程序，具体操作中还需参照相关法律法规和司法解释的规定。