在PCR程序设置中，循环的设置通常包括以下步骤：
设置循环数
首先，需要确定所需的循环次数。这通常基于要扩增的DNA片段的长度。对于较短的靶基因（例如100~300bp），可能采用二温度点法，其中退火和延伸温度可以合二为一。对于较长的靶基因，通常采用三温度点法，包括变性、退火和延伸三个步骤，循环次数通常为20-40次。
设置温度和时间
变性：DNA双链在较高的温度（通常94-96℃）下解离成单链。变性时间通常为1分钟，但可以根据需要进行调整。需要注意的是，温度不能过高，以免影响酶的活性。
退火：在较低的温度（通常50-60℃）下，引物与DNA单链的互补序列结合。退火时间取决于引物的长度、碱基组成及其浓度，以及靶序列的长度。可以通过公式Tm = 4（G+C） + 2（A+T）来计算解链温度，并据此选择合适的退火温度。退火时间通常为30秒至1分钟。
延伸：在适宜的温度（通常72℃）下，DNA聚合酶以引物为起点合成新的DNA链。延伸时间通常为1分钟，但可以根据需要进行调整。需要注意的是，延伸温度应保持恒定，以确保DNA聚合酶的活性。
温度和时间修饰
如果需要，可以设置温度和时间修饰功能，使每个循环的温度和时间按照预设的递增或递减。这有助于优化PCR反应条件，例如在梯度PCR中实现温度的线性变化。
示例PCR程序设置
假设我们要扩增一个长度为150bp的DNA片段，采用三温度点法，循环次数为30次，以下是可能的PCR程序设置：
循环数
设置循环数为30次。
温度和时间
变性：94℃, 1分钟
退火：55℃, 30秒
延伸：72℃, 1分钟
温度和时间修饰（可选）：
如果需要温度递增，可以在后续循环中逐步增加退火和延伸的温度，例如每次循环退火温度增加1℃，延伸温度增加5秒。
通过以上步骤，可以设置一个有效的PCR程序，以获得所需的DNA扩增产物。请根据具体的实验需求和条件调整温度和时间设置。