员工未按程序辞职，单位在特定情况下可以扣款，但有一些限制和条件：
奖金扣除
单位可以扣除员工的奖金，因为奖金通常是基于员工的工作表现和单位的业绩，与是否提前通知离职无关。
经济损失赔偿
如果员工未提前通知离职给单位造成了经济损失，单位可以根据劳动合同要求员工赔偿。赔偿金额可以从员工工资中扣除，但每月最多只能扣工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
不得无故克扣工资
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者的工资。如果员工没有给单位造成损失，单位不能随意扣工资，必须依法支付员工应得的工资。
提前通知的要求
员工通常需要提前30天通知用人单位离职，如果未提前通知，单位可以要求员工赔偿因未提前通知造成的经济损失，但这并不意味着单位可以随意扣除员工工资。
经济补偿
如果员工因单位违法行为（如未签订劳动合同、未缴纳社保等）而辞职，员工有权要求经济补偿。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
建议
协商解决：员工和单位应尽量通过协商解决问题，明确责任和赔偿金额。
法律途径：如果协商无果，员工可以向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
保留证据：员工应保留与单位沟通的记录和相关证据，以便在争议解决过程中提供支持。
总之，单位在员工未按程序辞职时，只能依据法律规定和合同约定进行合理扣款，不能随意克扣工资。员工也应了解自己的权益，通过合法途径维护自己的合法权益。