申请渔船改造的程序如下：
准备申请材料
填写《广东省船网工具指标申请书》。
提供申请人身份证明，如公司提供法人代表身份证及营业执照。
提供“四证”复印件。
其他可能需要的文件，如渔业捕捞许可证、船检证书、船舶证书、产权证书、本人身份证等。
提交申请
向县（区）渔业主管部门提交申请材料。
县（区）渔业主管部门审核材料，通过并加具意见后报市级渔业主管部门。
市级渔业主管部门审核材料，通过并加具意见后报省级渔业主管部门。
省级渔业主管部门审核材料，材料齐全无误，出具渔业船网工具指标批准书。
办理后续手续
申请人凭渔业船网工具指标批准书更改作业类型。
办理渔业捕捞许可证注销证明、船舶证书注销证明和产权证书注销证明。
到渔政大队办理船检证书注销证明。
注意事项
渔民应在每年特定日期前提出申请，如4月1日前或4月15日前，具体时间根据具体要求而定。
申请表格和所需材料可能因地区和要求而异，建议提前向当地渔业主管部门咨询最新要求。
以上流程仅供参考，具体申请程序可能因地区和政策的不同而有所变化。建议在申请前详细咨询当地渔业主管部门，以确保申请过程顺利进行。