程序错误案件的办理主要依据《中华人民共和国刑事诉讼法》和《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律规定。以下是具体的办理程序：
当事人申诉
当事人及其法定代理人或近亲属认为法院在审理过程中存在程序错误时，可以在法定期间内向作出判决的上一级人民法院提出申诉。
检察院抗诉
当事人认为法院在审理过程中存在严重程序错误时，可以向同级人民检察院申请抗诉。上级人民检察院对下级人民法院、最高人民检察院对各级法院作出的已经发生法律效力的判决书、裁定书、调解书发现确有错误可以依检察监督权抗诉再审。
法院院长处理
各级法院院长对本院已生效裁判发现确有错误时，有权提交审判委员会处理。
上级法院提审或指令再审
最高法院对各级法院或上级法院对下级法院已生效裁判发现确有错误时，有权提审或者指令下级法院再审。
检察院提出抗诉
最高检察院对各级法院已生效的刑事裁判、行政裁判发现确有错误时，有权依审判监督程序提出抗诉。地方各级检察院发现同级或者上级法院已生效的裁判确有错误时，可报请上级检察院抗诉。
再审程序
如果发现民事诉讼程序错误，可以提请再审程序。再审是为纠正已经发生法律效力的错误判决、裁定，依照审判监督程序，对案件重新进行的审理。
上诉程序
当事人提起上诉时，法院会组成合议庭对案件进行审理，如果案件一审的程序有明显错误的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
在处理程序错误时，当事人应当注意保留相关证据，以便在申诉或抗诉时提供支持。同时，当事人也应当遵守法律程序，不得采取非法手段干扰司法程序。
建议：
-当事人在发现程序错误时，应首先向法院提出申诉，如果法院未予处理，再向检察院申请抗诉。
-在申诉或抗诉过程中，应详细列出错误点，并提供相应证据支持。
-如有必要，可以寻求专业律师的帮助，以获得更专业的法律建议和支持。