在处理拆违程序违法的赔偿问题时，主要依据《中华人民共和国国家赔偿法》以及相关的行政法规和司法解释。以下是一些关键点：
赔偿原则
行政机关及其工作人员违法行使职权给当事人合法权益造成损害的，应当给予赔偿。
赔偿请求人要求赔偿，应当先向赔偿义务机关提出，也可以在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出。
赔偿范围
赔偿范围通常包括直接损失，如因房屋被违法拆除而造成的临时安置租金损失、搬迁损失、房屋装修损失和被埋物品的损失。
赔偿数额不应低于被征收房屋的补偿标准。
赔偿方式
赔偿以支付赔偿金为主要方式，不适用于已拆除的建筑物，因为无法返还财产或恢复原状。
赔偿程序
赔偿义务机关应当自收到赔偿申请之日起两个月内作出是否赔偿的决定，若未在规定时间内作出决定，赔偿请求人可以在期限届满之日起三个月内提起行政诉讼。
特殊情况的考虑
若违法建筑拆除过程中存在合法利益保护问题，例如特殊材料（如钢架结构）因行政机关未妥善保管造成无法回收利用的，可以予以行政赔偿。
赔偿责任的确定
赔偿数额的确定应当结合原告的诉讼请求和案件的客观事实，有理有据、相对客观地酌定损失数额，不能完全凭法官的主观感知任意酌定。
综上所述，拆违程序违法的赔偿问题需要综合考虑具体案情、损害程度、赔偿请求人的实际损失以及法律规定。赔偿义务机关应当在法定期限内作出赔偿决定，若违法拆除行为确实造成当事人合法权益损失，应当依法予以赔偿。赔偿标准通常不低于征收补偿标准，具体数额需根据案件具体情况酌定。
建议在实际操作中，赔偿请求人应当详细记录损失情况，并提供充分证据支持其赔偿请求，以便在行政复议或行政诉讼过程中有效维护自身合法权益。