刑诉程序违法的处理方式主要包括以下几种：
申请审判监督程序
当事人及其法定代理人、近亲属对已经发生法律效力的判决、裁定和调解书，认为存在错误的，可以申请审判监督程序。
申诉
对已经发生法律效力的刑事判决、裁定确有错误的，可以向人民检察院申诉，由作出生效判决、裁定的人民法院的同级人民检察院刑事申诉检察部门依法办理。
投诉举报
公安机关和人民警察在执法活动中如有违法侵犯公民、法人和其他组织合法权益的情形，造成损害的，当事人有权向其上级机关、人民检察院投诉举报，根据具体情节予以行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
国家赔偿
受害者本人可以要求国家赔偿，如果刑诉程序违法导致其合法权益受损。
追究刑事责任
程序违法若构成犯罪，相关责任人将承担相应的刑事责任。
建议当事人或相关人员，在发现刑诉程序违法时，及时通过上述途径进行申诉、举报或申请审判监督，以维护自身合法权益。