船长任命程序通常包括以下几个步骤：
人事部提出拟聘任船长名单
人事部负责提出拟聘任船长的名单，并对候选人的健康状况、证书、任职资历进行审核。这包括对船长的适任证书、GMDSS操作员证书（按需）、专业培训证书（如基本安全、精通艇筏、精通急救、高级消防、船上医护、雷达观测与标绘、自动雷达标绘）以及语言体现能力的审核。审核后，填写《船长指挥资格审核表》（附录1），并在表中签订调查状况和意见。
海务部审核指挥资格
海务部负责对拟聘任船长的指挥资格进行认定，协助人事部做好船长聘任期间的考核。这包括对船长的船舶操纵水平、船舶避碰、气象分析能力、应急反应及指挥能力、对有关船舶的航区熟悉程度、船舶综合管理能力、货运管理水平以及无线电设备的管理和操作（合用兼职GMDSS操作员）的审核。审核后，也填写《船长指挥资格审核表》（附录1）。
总经理审批
总经理负责审批船长的聘任。总经理与拟聘船长进行谈话，以观测拟聘船长的心理素质、决策能力等，并在《船长指挥资格审核表》上签注审批意见，最终决定聘任与否。
培训和考核
新聘船长在上船前需接受公司组织的熟悉培训，并在聘任期间进行考核。这包括对船长在实际工作中的表现进行评估，确保其符合公司的要求和安全管理体系（SMS）的标准。
资格认定
对于实习船长，人力资源部会对其进行资历和素质审查，并完成船长适任证书考试报名手续。实习船长在船实习时间不得少于3个月，并由船长根据其在船实习期间的表现提出意见，上报人力资源部。总船长对实习船长的业务技能进行认定，并在《实习船长正式任职审核表》上签字确认。
签订合同和签发调令
人事部负责与拟聘船长签订聘用合同，并签发调令，确保其正式成为公司的一员。同时，保存船长的审核和考核记录。
通过以上步骤，公司可以确保任命的船长具备适当的指挥资格和熟悉公司的安全管理体系，从而保障船舶的安全和高效运营。