跨县项目审批程序主要包括以下几个步骤：
项目立项审批流程
建设单位向项目建设用地所在市、县国土资源主管部门提出申请，填写《建设用地申请表》，并按规定提交相关申请材料。
土地使用申请符合法律、法规和政策规定，材料齐全的，市、县国土资源部门应当受理土地使用申请。
市、县国土资源主管部门受理土地使用申请后，应当向市、县人民政府报告。
市、县国土资源主管部门编制的有关报告材料，经同级人民政府批准后，应当报上一级人民政府请示。
土地使用申报材料应当按照程序逐级报有审批权的人民政府和国土资源主管部门审批。
项目备案流程
企业投资建设跨设区的市的项目，向自治区发展改革委备案。
企业投资建设非跨设区的市的项目，项目建设地点在设区的市城市规划区或跨县（市、区）的，向项目所在地设区的市发展改革委备案。
其他项目向项目所在地的县（区）级发展改革局备案。
项目申请报告提交
国家计划单列企业集团、中央管理企业、自治区直属企业（含区直部门所属企业），以及在国家、自治区工商行政管理部门登记的企业，直接向自治区发展改革委提交项目申请报告，并附上项目所在地设区的市发展改革委的意见。
其他企业投资建设应由自治区发展改革委核准的项目，向项目所在地设区的市提交申请报告，设区的市发展改革委初审并提出意见后报自治区发展改革委。
需进行评审（视项目而定）。
建设用地审查报批程序
建设单位向项目建设用地所在地的市、县自然资源主管部门提出用地申请，填写《建设用地申请表》，并按规定提交相关申报材料。
用地申请符合土地管理法法律法规和政策规定、材料齐全的，市、县自然资源主管部门受理用地申请。
项目建设审批材料准备
书面申请（项目立项申请报告书）。
提供资金落实证明（银行出示的资金证明）。
土地使用权证明。
由具有相应资质的工程咨询单位编制的可行性研究报告。
项目建议书与可行性研究报告审批
申请人向县发改局提交申报材料，包括项目建议书及专家评审意见、用地预审与选址意见书、固定资产投资项目节能审查意见等。
县发改局接到申报材料后，对申报材料进行全面审核，作出是否受理的决定。
建议：
在准备跨县项目审批时，企业应详细阅读并遵循相关政策和法规，确保申请材料齐全、合规。
及时与项目所在地市、县国土资源主管部门、发展改革局等相关部门沟通，确保审批流程顺利进行。
对于需要评审的项目，应提前联系相关评审机构，确保评审工作按时完成。