小程序扣点降低的方法主要有以下几种：
申请成为微信支付服务商
第三方服务商可以申请降低微信支付费率，以及免去小程序每年300元认证费。
通过服务商制作的微信小程序，可以通过服务商去申请配置微信支付，交易费率会下调至0.2%-0.38%不等。
选择合适的类目
不同的服务类目费率不同，有些类目的费率较低，例如0-0.3%不等，而游戏、网络广告及推广、软件开发等服务类目则高达1%。
商家可以根据自己业务所属的类目，选择适合的费率申请。
优化业务模式
通过优化业务模式，例如增加交易量、提高客单价等方式，可以间接降低每笔交易的扣点成本。
谈判与协商
如果商家有较大的交易量或较高的议价能力，可以与微信支付服务商进行谈判，争取更低的费率。
建议
选择服务商：如果条件允许，商家可以通过成为微信支付服务商来获得更低的费率。
优化业务：通过优化业务模式，提高效率和交易量，从而降低每笔交易的扣点成本。
谈判技巧：与服务商进行谈判时，商家可以提出自己的业务量和需求，争取更优惠的费率。
希望这些方法能帮助商家有效降低小程序的扣点成本。