公司审查合同程序通常包括以下几个步骤：
形式审查
合同文件结构：检查合同文件的开头、正文、签署部分是否完整，是否附有对方营业执照、资质证明等相关材料。
合同格式规范：检查合同格式是否符合公司规定或行业标准，如字体、字号、排版等。
合同签署：确认合同签署人是否具有合法授权，签署过程是否符合公司规定。
实质审查
合同主体：审查合同主体的合法性，包括企业登记管理制度、经营范围管理制度等，确认对方是否具备履行合同所需的资质和许可，审查对方代表是否为法定代表人或具有合法授权的委托代理人。
合同条款：全面细致地审查合同条款，包括合同名称、交易内容、交易程序、表述方式、生效程序等是否合法、合规，审查合同条款是否完备，是否涵盖了合同的主要内容和必要条款，审查合同条款的实用性，确保条款能够满足交易需求，并有效防范风险。
合同权利义务：审查合同权利义务是否明确，避免存在模糊或歧义的情况，审查合同条款之间的逻辑关系，确保条款之间协调一致，无冲突或矛盾。
合同风险：审查合同中可能存在的风险点，如违约风险、争议解决风险等，并设置相应的应对措施，审查合同中的清洁条款，确保不存在可能导致纠纷的潜在问题。
其他相关审查
合同类型识别：在正式审查前，识别合同类型，确保合同名称与合同内容一致。
法律法规审查：关注合同相关的法律、司法解释、行政法规、部门规章，以及地方性法规、自治条例、单行条例及地方政府规章、地方政府规范性文件中的相关规定，确保合同内容不违反这些规定。
风险提示：努力发现并提示业务部门在合同中所存在的各类风险及不利条款，特别是有可能加重公司责任、可能导致合同无效或部分无效、因约定不明有可能产生重大争议的条款。
合同内容完整性：分析合同内容是否完整，包括标的、价格、质量标准、数量、履行期限等。
公平原则：在公平原则下，对于委托方一定的倾斜，确保合同内容对委托方公平合理。
可操作性条款：分析及设置合同的可操作性条款，确保合同条款能够有效执行。
风险假设审查：进行风险假设审查，预测并评估潜在的风险点。
复查及挖掘：最后进行复查，挖掘可能存在的问题和隐患。
内部审核流程
送审：合同承办人将相关合同草案及相关原始资料办理报批手续。
部门审核：承办部门负责人审核相关业务需求，签署审批意见，若需会签则转其他部门负责人签署意见后转法务审核。
法务审核：法务部门对合同条款、内容的合法性、严密性、可行性进行审查。
管理层审核：各业务直属（副）总裁对相关合同进行审核，并签署相关意见，涉及资金支出的合同需经总裁审批。
签章备案：公司印鉴管控人员见合同审批表及合同草案等相关资料完备后，予以签章，并进行合同备案归档。
通过以上步骤，公司可以全面、系统地审查合同，确保合同的合法性、合规性和有效性，从而保护公司的合法权益并降低潜在风险。