防止程序被修改可以通过以下方法实现：
代码混淆
通过修改程序的结构和逻辑，使其难以理解。例如，重命名变量和函数，使用不直观的控制流结构等。这可以增加攻击者理解和修改程序的难度，从而提高程序的安全性。
加密
对程序的源代码或二进制文件进行加密，防止未经授权的访问和修改。加密可以在程序运行时动态进行，也可以在编译时静态进行。动态加密需要在程序运行时解密代码，而静态加密则将加密后的代码直接嵌入到程序中。
数字签名
使用公钥加密算法（如RSA）对程序进行签名，以确保程序在传输过程中没有被篡改。接收方可以使用相应的私钥对签名进行验证，以确认程序的来源和完整性。
时间戳
在每次修改程序时添加一个时间戳，记录程序的版本信息。这可以帮助开发者追踪程序的修改历史，并在出现问题时迅速定位问题所在。
版本控制
使用版本控制系统（如Git）管理程序修改历史，允许开发者跟踪程序的修改历史，比较不同版本的代码差异，并在出现问题时回滚到之前的版本。这有助于开发者更好地管理代码，提高开发效率，同时也可以防止未经授权的修改。
权限控制
对程序的访问和修改权限进行严格控制，设置用户权限，限制外部访问等方式，防止未经授权的访问和修改。权限控制是保护程序安全的基本手段，需要与其他安全措施结合使用。
自推送实现
通过中间件保护程序不被修改、不被删除，并实现批量替换内容，例如修改繁殖页联系方式及跳转地址等。这种方法对于启用了繁殖页保护的程序特别有效。
完整性校验
采用MD5算法对程序进行完整性校验，确保执行程序不会被修改。将MD5结果作为第一部分，并结合本机信息（如网卡、硬盘、CPU信息、当前日期、注册用户等）进行加密，将加密结果作为第二部分进行保存。将两部分结果合并后传送给服务器，服务器验证程序的完整性后解密客户机信息，并通过RSA算法使用私钥进行加密，将秘文发还给客户。客户使用收到的秘文以及程序中包含的RSA算法的公钥进行解密并进行本机校验，如果信息正确则可以继续运行，否则失败。
程序锁定
在程序开始时添加密码验证或权限认证，只有通过验证的用户才能修改程序。此外，可以设置程序锁定功能，一旦程序被锁定，就不能修改。
存放在只读区域
将程序存放在只读区域，只能读取不能修改，从而有效避免程序被误改。
使用代码签名证书
通过对程序代码的数字签名，标识软件来源及软件开发者的真实身份，为可信计算环境提供技术支撑。这可以确保软件在开发、构建、分发、维护过程中可信任、不被篡改。代码签名证书通过加密技术对文件的扩展名进行签名，一旦文件被改动，即会通知文件作者，保护文件的安全性。
综合运用这些方法，可以最大程度地保护程序的安全性，确保程序不被非法修改。