修改软件程序的版权主要涉及以下几个步骤：
准备相关材料
提供原计算机软件著作权登记证书的扫描件。
明确需要变更的内容，如新软件全称、简称、著作权人名称等。
填写软件著作权变更或查询申请书。
提交著作权人的身份证明材料，如事业单位法人证书副本复印件、法人营业执照副本复印件、身份证复印件等。
根据具体情况，可能还需要提供其他相关材料，如名称变更核准证明等。
提交申请
可以选择亲自到版权中心登记大厅进行现场办理，或者通过挂号信或特快专递将变更材料及申请书邮寄至软件著作权登记部。
在线填写申请表
在中心网站上进行用户注册并登录，在线按要求填写申请表后，确认并提交并打印。
缴纳申请费
申请文件符合受理要求时，软件登记机构会发出缴费通知，申请人或代理人需要按照通知要求缴纳费用。
登记机构受理申请
登记机构在规定的期限内予以受理，并向申请人或代理人发出受理通知书及缴费票据。
补正程序
如果申请文件存在缺陷，申请人或代理人应在规定期限内补正。逾期不补正的，申请将被视为撤回。经补正仍不符合登记办法的，登记机构将不予登记并书面通知申请人或代理人。
获得证明
申请受理之日起10个工作日后，申请人或代理人可以查阅软件登记事项变更或补充登记公告，并领取变更后的登记证书。
建议
提前准备：提前准备好所有必要的材料，确保材料的真实性和完整性。
仔细填写：在填写申请表和提交材料时，务必仔细核对，避免因填写错误导致申请失败。
及时沟通：如果在办理过程中遇到问题，及时与版权登记机构联系，获取帮助和指导。
通过以上步骤，可以顺利完成软件程序版权的修改。