再审程序违规的处理方式主要依据《中华人民共和国刑事诉讼法》和《最高人民法院关于适用的解释》等相关法律规定。具体处理如下：
当事人申请申诉
当事人如认为再审程序违反法律规定，可以向人民法院提出申诉，以维护自己的合法权益。
申诉应提交的材料包括：申诉状、原一、二审判决书或裁定书等法律文书，以及其他相关材料。
法院审查与处理
人民法院接到再审申请后，应进行审查。如果认为符合再审条件，应立案并裁定中止原判决的执行，同时通知双方当事人。
如果认为不符合再审条件，法院应用通知书驳回申请。
再审审理程序
再审案件应另行组成合议庭进行审理。原审人民法院再审时，需另行组成合议庭。
再审适用的程序根据原审程序而定。原审为第一审审结的，适用第一审程序；原审为第二审审结的，适用第二审程序。最高人民法院或上级人民法院提审的案件，适用第二审程序。
再审裁判效力
再审后作出的判决、裁定，当事人可以提起上诉，但再审裁判为终审裁判，当事人不得再上诉。
法院纠正程序违法
再审中，如发现原判决违反法定程序，法院可分别情况处理：
认为不符合受理条件的，裁定撤销一、二审判决，驳回起诉。
具有严重违反法定程序的情况，可能影响案件正确判决、裁定的，裁定撤销一、二审判决，发回原审人民法院重审。
再审期间，如发现原判决遗漏了应当参加诉讼的当事人，法院可以根据当事人自愿原则进行调解。调解不成的，裁定撤销一、二审判决，发回重审。
再审期限
民事再审案件的审理期限为六个月，特殊情况可延长六个月。
通过以上规定，可以看出我国法律对再审程序违规的处理较为严格，旨在纠正重大程序或实体错误，保障司法公正。建议当事人在发现再审程序违规时，及时依法申诉，以维护自身合法权益。