党员转正程序的处罚主要依据《中国共产党发展党员工作细则》和相关规定，具体处理方式如下：
延长预备期
如果预备党员在未转正期间表现良好，思想政治觉悟高，对党忠诚，工作积极主动，党组织可以适当延长转正期限，并给予相关教育和培训，帮助党员尽快完成转正手续。
取消预备党员资格
如果党员在未转正期间表现较差，思想政治觉悟不高，对党组织不忠诚，工作不力，党组织则可以考虑进行纪律处分，如通报批评、撤销党内职务等。对于违犯党纪且情节较重的预备党员，应当取消其预备党员资格。
倒查追责
对于预备党员转正过程中出现的延误，如支部大会提前讨论转正、上级党委拖延审批等情况，需要进行倒查追责。具体处理措施包括对当时的支部书记、组织委员、上级党委分管书记等人进行诫勉谈话、警告处分等。
重新履行转正手续
如果预备党员在预备期满后，因某些原因未能及时转正，需要重新履行转正手续。具体流程包括预备党员提出书面转正申请、支部大会讨论表决、上级党委审批等。
党委审批期限
党委审批党支部上报的预备党员转正的决议，应在三个月内讨论审批。对于超过规定审批期限的情况，要根据不同情况处理，如追究有关人员责任、重新讨论转正等。
综上所述，党员转正程序的处罚措施主要包括延长预备期、取消预备党员资格、倒查追责和重新履行转正手续等。具体处理方式会根据党员的表现和实际情况有所不同。建议预备党员在预备期间认真表现，积极向党组织汇报思想和工作情况，以确保能够按期转正。