审核程序违法的处理方式主要取决于违法的性质、严重程度以及是否对公民权利造成了实际侵害。以下是几种可能的处理方式：
不予追究
对于轻微的违反程序性规定的行为，如果对公民权利的侵害轻微或没有影响，可以在衡量司法效率的基础上不予追究。这体现了对司法效率的尊重和对公民权利的保障。
内部处罚
对于情节严重、影响公民权利的程序性违法行为，应依法追究相关人员的法律责任。这包括对涉事法官进行内部处罚、撤销违法决定或判决等。
撤销决定或判决
在处理程序性违法问题时，应注重保障当事人的合法权益。对于因程序性违法而遭受损失的当事人，应给予相应的赔偿或补偿。这有助于维护当事人的合法权益，增强司法公信力。
行政复议和行政诉讼
征地审批程序违法的情况下，被征地人可申请行政复议和提起行政诉讼。如果征地主体违反征地行为同时构成对被征地人合法权益侵害的，还必须依照国家赔偿法的规定承担行政赔偿责任。
撤销行政许可
对于程序违法撤销行政许可的情况，需要在行政许可决定作出之前提起撤销的申请，并进行及时提供资料。撤销行政许可是我国法律赋予公民或者法人、机构的合法的正当权益，是合理的要求。
建议
在处理审核程序违法时，应根据具体情况选择合适的处理方式。对于轻微的违法行为，可以考虑不予追究以保障司法效率；对于严重的违法行为，应依法追究相关人员的法律责任，并进行赔偿或补偿以维护当事人的合法权益。同时，应加强对程序性违法行为的监督和制约，确保司法公正和效率。