程序违法的定罪主要依据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关法律法规，具体定罪过程如下：
侦查阶段
公安机关对于现行犯或者重大嫌疑分子可以刑事拘留，必须在拘留后的24小时以内进行讯问。
公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在拘留后的三日以内，提请人民检察院审查批准。
审查起诉阶段
检察院在审查起诉阶段发现侦查机关的程序违法，可以提出纠正意见，要求补充侦查或自行补充侦查。
审判阶段
法院在审理案件时，需查明案件事实，包括程序性违法的事实，并根据违法情节的严重程度作出相应判决。
对于程序性违法，法院可以判决撤销或部分撤销原行政行为，并可以判决被告重新作出具体行政行为。
程序性违法严重到一定程度，如影响公正审判，法院可以发回重审。
行政处罚程序违法
行政处罚程序违法的法律后果包括被责令改正，对直接责任人员给予行政处分，如果给相对人造成损失，还可以申请国家赔偿。
如果行政处罚程序违法构成犯罪，还可以追究刑事责任。
清算程序违法
清算程序违法需要承担刑事责任，依照事实经过及造成的后果判定为刑事犯罪。
职务行为程序违法
职务行为因程序严重违法，执法行为不具有合法性，从而阻却妨害公务罪的构成。
总结：
程序违法的定罪需要根据违法情节的严重程度及具体案件事实，依法进行行政处罚、刑事责任追究或发回重审等处理。建议在实际操作中，相关机关应严格按照法律规定履行职责，确保程序合法合规，以维护司法公正和公民权益。