程序运行超时时，可以采取以下几种方法来处理：
优化代码
检查程序中是否存在效率低下的代码，尝试使用更高效的算法或数据结构来优化代码的执行时间。
减少计算量，例如通过缓存结果或避免重复计算来提高程序的执行效率。
异步操作
对于需要等待的操作，可以使用异步操作来提高程序的并发性和响应速度。
增加资源
如果超时是由于资源不足导致的，可以尝试增加系统资源，如增加内存、优化网络连接等。
分析日志
通过分析程序的运行日志，找出超时发生的具体原因，有针对性地进行优化。
调整时间限制
如果超时错误是由于时间限制设置不合理导致的，可以适当调整时间限制，使其更符合实际情况。
分批处理
如果某个操作或任务需要处理大量数据，可以考虑将数据分批处理，每次处理一部分数据，然后进行合并，从而减少单次操作的耗时。
并发处理
如果某个操作可以并发执行，可以考虑使用多线程或者多进程来进行并发处理，提高整体的处理速度。
设置合理的超时时间
在进行网络通信或者调用外部接口时，可以根据实际情况设置一个合理的超时时间，避免长时间等待。
异常处理
在进行可能出现超时的操作时，可以捕获相应的异常并进行处理，例如使用超时机制或异常处理来避免程序崩溃。
使用缓存技术
如果某个操作需要频繁地访问相同的数据，可以考虑将数据缓存起来，避免重复计算或者重复访问数据库等耗时操作。
根据具体的场景和需求，可以选择合适的方法来解决程序运行超时的问题。优化代码和算法、使用缓存技术、并发处理和合理设置超时时间是常用的解决策略。