清理保护权限的软件可以通过以下几种方法：
修改权限
对于非系统自带的软件，可以在手机的设置里修改权限，通常可以通过管理员权限来进行修改和删除。
使用第三方工具
可以使用APK权限修改器来更改软件的权限，然后进行卸载。
卸载软件
一般可以直接卸载软件，但如果软件有保护权限，可能需要先关闭其相关的服务或权限才能卸载。例如，对于微信授权软件，可以在微信的授权管理中取消授权后再卸载。
Root或越狱
对于安卓系统，可以通过ROOT权限来卸载保护权限的软件。但需要注意的是，ROOT操作有一定风险，可能会导致系统不稳定或失去保修资格。
进入纯DOS
可以尝试进入纯DOS环境下手动删除相关文件，但这需要较高的技术操作，不推荐普通用户尝试。
修改注册表
对于某些软件，可能需要修改注册表信息来彻底卸载。这需要谨慎操作，因为错误的修改可能会导致系统问题。
关闭MDM权限
如果软件是通过MDM（移动设备管理）进行授权的，可以尝试关闭其MDM权限后再进行卸载。
系统备份
在进行任何权限修改或卸载操作前，建议先备份重要数据，以防数据丢失。
建议
谨慎操作：在修改系统权限或进行卸载前，务必备份重要数据，以防意外情况发生。
了解风险：ROOT或越狱操作虽然可以提供更高级的功能，但同时也带来了系统安全风险，建议谨慎考虑。
使用官方工具：尽量使用官方或可信赖的第三方工具来进行权限修改和软件卸载。
通过上述方法，您可以根据自己的需求和设备情况选择合适的方式来清理保护权限的软件。