子女教育扣除比例可以选择50%或100%，具体取决于夫妻双方的协商结果。以下是详细说明：
夫妻协商选择
如果夫妻双方都选择按照扣除标准的50%进行扣除，则子女教育扣除比例为50%。
如果夫妻双方选择由其中一方按照扣除标准的100%进行扣除，则子女教育扣除比例为100%。
扣除标准
无论选择哪种扣除比例，扣除标准均为每个子女每月1000元。
不可变更性
一旦选择了具体的扣除方式，在一个纳税年度内是不可以变更的。
因此，在确定子女教育扣除比例时，夫妻双方需要根据自身情况协商选择50%或100%，并注意一旦选择后在一个纳税年度内不得更改。