鸣人对战佩恩的故事发生在《火影忍者》的第383集到第389集。在这个时期，木叶村遭受了佩恩的袭击，村庄被夷为平地。火影为了保护村民，虽然身受重伤，但仍然决定挺身而出，以火影的名义与佩恩一战。鸣人在得知这一情况后，也回到了战场，与佩恩展开了激烈的战斗。最终，鸣人凭借自己的毅力和实力，成功击败了佩恩，并且揭露了佩恩的真实身份——长门，一个曾经被自来也收为徒弟的晓组织成员。
这一系列战斗不仅展现了鸣人的勇气和坚持，也体现了他对木叶村的深厚感情和对朋友的忠诚。鸣人的行为最终感动了长门，使他选择了放弃仇恨，使用轮回天生之术复活了在战斗中牺牲的木叶村民。