黑衣组织在《名侦探柯南》中出场的集数如下：
001云霄飞车杀人事件
013奇怪的寻亲杀人事件
043江户川柯南诱拐事件
048-049外交官杀人事件
054电玩公司杀人事件
118浪花连续杀人事件
128黑衣组织10亿元抢劫事件
129来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件
135来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件（灰原哀登场）
136-139黑暗中的死角
176与黑衣组织的再会（灰原篇）
177与黑衣组织的再会（柯南篇）
178与黑衣组织的再会（解决篇）
203-208集被召集的名侦探!
230神秘的乘客（前篇）
231神秘的乘客（后篇）
271急忙掩饰的忽略（前篇）
272急忙掩饰的忽略（后篇）
286工藤新一纽约事件（事件篇）
288工藤新一纽约事件（解决篇）
289光彦森林迷失记（前篇）
290光彦森林迷失记（后篇）
307-308集遗留的无声证言
309与黑暗组织的接触（交涉篇）
310与黑暗组织的接触（追踪篇）
311与黑暗组织的接触（决死篇）
345与黑衣组织正面对决 满月之夜的双重谜案
425黑暗冲击!
56福尔摩斯迷杀人事件
600-601集（未明确提及，但推测与黑衣组织有关）
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