加班工资基数的确定方法如下：
合同约定优先
如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班工资的计算基数，那么应按照该约定执行。
无约定或约定不明
如果双方对月工资没有约定或约定不明，则应按劳动合同法第十八条的规定确定正常工作时间的月工资。具体来说，应以劳动者实际获得的月收入为基础，扣除非常规性奖金、福利性、风险性收入等项目后的数额作为加班工资的计算基数。
实际收入计算
在没有明确约定的情况下，加班工资基数可以按照劳动者实际获得的月收入进行计算。实际发放的工资应包括基本工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入。
最低工资标准
如果按照上述方法仍无法确定正常工作时间工资数额，且当地没有特别规定，那么加班工资基数可以参照当地月最低工资标准。
法院裁决
在实际操作中，如果双方对加班工资基数存在争议，法院将根据具体情况作出裁决。例如，有些法院可能会根据实际发放的工资标准来确定加班工资基数，而不是简单地按照最低工资标准计算。
调整不合理约定
如果工资系打包支付，或双方形式上约定的“正常工作时间工资”标准明显不合理，或有证据证明用人单位恶意将本应计入正常工作时间工资的项目归入非常规性奖金、福利性、风险性收入等项目中，法院可能会参考实际收入的一定比例（如70%）进行适当调整。
工资组成
加班工资基数应包括“基本工资”、“岗位津贴”等所有工资项目，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。
综上所述，加班工资基数的确定应优先遵循劳动合同中的约定，若无约定或约定不明，则依据实际收入和相关法律法规进行计算，并确保计算结果不低于当地月最低工资标准。在实际操作中，建议用人单位与劳动者明确约定加班工资基数，以避免争议。