公寓房产权40年到期后，根据《民法典》第三百五十九条的规定， 会自动续期。这意味着公寓的土地使用权在期满后会延续，房屋及其他不动产的归属将按照约定或法律规定办理。
具体操作步骤如下：
自动续期：
住宅建设用地使用权期限届满后会自动续期，无需房屋业主进行额外申请。
缴纳土地出让金：
虽然土地使用权会自动续期，但房屋业主需要按照当时的楼面指导价格，依一定比例重新缴纳土地出让金。续期费用的比例大约是40%-60%。例如，如果当初购买时的商业地楼面价是1000元/㎡，50㎡的房子，土地出让金大约为30000元。
办理手续：
房屋业主需要向房屋所在地的土管部门提出续期申请，申请通过后，按规定缴纳土地出让金即可重新获得土地使用权。
产权变更：
缴纳土地出让金后，房屋产权将自动延续，业主需要办理相关的登记手续，包括携带身份证、户口本、《商品房销售合同》等证件和资料，到房地产管理部门办理过户手续，并领取新的房地产权证。
建议
提前规划：由于续期需要缴纳土地出让金，建议业主提前了解当地政策和市场价格，以便做好资金准备。
咨询专业人士：在办理续期手续时，建议咨询专业的房地产律师或中介机构，以确保手续顺利办理。
关注政策变化：土地政策和续期费用可能会随时间变化，建议定期关注当地政府的最新政策，以便及时应对可能的变化。