公益一类和公益二类事业单位在多个方面存在显著差异，主要包括以下方面：
职能与任务
公益一类：主要承担义务教育、基础性科研、公共文化、公共卫生及基层的基本医疗服务等基本公益服务。这些服务不能或不宜由市场配置资源，具有完全的非营利性质。
公益二类：主要承担高等教育、非营利性医疗等公益服务，这些服务可以部分由市场配置资源。它们在提供公益服务的同时，也具有一定的市场属性。
财政拨款方式
公益一类：由财政全额拨款，单位不需要自行创收，其经费来源稳定，不受市场波动影响。
公益二类：财政部分拨款，单位需要自行创收以补充经费，虽然有一定的自主性，但经费来源相对不稳定。
稳定性与保障
公益一类：由于完全由政府拨款，其稳定性极高，不易受到市场波动的影响，是传统意义上的“铁饭碗”。
公益二类：虽然也有政府的财政支持，但由于需要自行创收，其稳定性略低于公益一类，但在总体上仍具有较高的保障。
服务对象与管理模式
公益一类：主要服务于政府机关或公共机构，提供政府决策咨询、公共安全管理、公共资源开发利用等服务，受政府严格管理和监督。
公益二类：主要服务于社会公众，包括提供公共服务、文化教育、健康医疗、社会福利等领域，相对独立，具有一定的自主权。
资金来源与财务管理
公益一类：主要依靠政府拨款和财政预算拨款，财务管理较为严格，需要向上级单位报告财务状况。
公益二类：主要依靠自身的经营收入、社会捐赠和政府补贴等方式获取资金，相对独立，需要自行管理和监督财务状况。
综上所述，公益一类和公益二类事业单位在职能、财政拨款方式、稳定性、服务对象和管理模式以及资金来源和财务管理等方面均有明显的差异。这些差异决定了它们在事业单位体系中的不同角色和定位。