副科级干部和副主任科员的区别主要在于 职务层次和职责不同。具体来说：
职务层次
副科级干部：包括领导职务和非领导职务两类。领导职务的副科级干部是指在单位（部门）中担任副职的领导，如副科长、副乡长、副镇长等。非领导职务的副科级干部则是指在综合管理类非领导职务序列中，级别相当于领导职务的副科长，但本身并不担任领导职务。
副主任科员：属于非领导职务，是综合管理类非领导职务序列中的一种。虽然其级别相当于领导职务的副科长，但它本身并不是单位（部门）的领导成员。
职责
副科级干部：作为领导职务，副科级干部在单位（部门）中承担一定的领导职责和管理任务。
副主任科员：作为非领导职务，副主任科员主要负责具体的事务性工作，不直接承担领导职责。
待遇
副科级干部：作为领导职务，副科级干部通常享有更高的工资和更多的福利待遇，如年度考核奖等。
副主任科员：虽然级别相当于副科级，但作为非领导职务，其工资和福利待遇通常与科员相当，但在某些方面（如年度考核奖）可能会有所不同。
总结：
副科级干部和副主任科员的区别在于职务层次和职责不同。副科级干部可以是领导职务也可以是非领导职务，而副主任科员则只能是非领导职务。两者在级别上相同，但在职责和待遇上有所不同。