建筑合同印花税的计算方式是 按照合同上的金额乘以万分之三。根据《印花税暂行条例》规定，建筑安装工程承包合同的印花税是以合同所载承包金额的0.3%来缴纳。纳税人应在合同签订时，根据合同所载金额计算并贴足印花税票。
需要注意的是，如果合同在实际履行过程中，结算金额与合同所载金额不一致，一般不再补贴印花。此外，对于已履行并贴花的合同，如果发现实际结算金额与合同所载金额有出入，通常也不会进行补贴印花的处理。
在实际操作中，建筑企业应当根据具体的合同类型和金额，计算出应缴纳的印花税，并及时到税务机关购买印花税票并一次性贴足。如果应纳税额较大或贴花次数频繁，纳税人可以向税务机关提出申请，采取以缴款书代替印花或按期汇总缴纳的办法。
综上所述，建筑合同印花税的缴纳是基于合同金额的一个固定比例，计算简单明了，但在实际操作中需要注意合同金额与实际结算金额的一致性，以及及时贴花和可能的政策变化。