在Mastercam中进行三维编程铣刀留余量的步骤如下：
打开Mastercam ，并选择需要加工的零件文件。
2. 在刀具路径设置中，选择合适的面铣刀具和加工参数。
3. 在刀具路径设置中，选择“工具补正”选项，并输入需要留余量的尺寸。
4. 根据需要选择合适的加工策略，例如“平面铣”或“外形铣”等。
5. 在“外形铣”加工策略中，选择侧边留余量加工方式。
6. 根据需要调整侧边留余量的尺寸，并选择合适的刀具路径和加工参数。
7. 确认加工路径和参数后，生成刀具路径并执行加工操作。
此外，根据具体的加工要求，可以在不同的加工阶段设置不同的留余量：
开粗：
留余量通常在0.3-0.35之间，凹腔可以用曲面挖槽，凸件可以用曲面挖槽，等高或者2D外形等。
2次开粗：
留余量通常在0.1-0.3之间，可以用残料加工，等高等等，视情况很多时候可以省略这一步。
清角再清角：
留余量通常在0.1-0.2之间，转角处可以用等高，底部R可以用自动清角功能精加工之残料加工或者其他合适的命令。
半光（半精加工）：
留余量通常在0.05-0.1之间，平行为首选，其他亦可视工件形状。
光刀：
编程前将一些用刀半径的锐角作“保护”如构建一些曲面挡住或者使用干涉什么的，分工明确吗，不然火花机师傅要下岗了。不留余量地加工，除非有其他要求如晒纹，火花纹之类的可留些许余量0.03-0.05。
这些步骤和留余量设置可以根据具体的加工需求和工件形状进行调整，以确保加工质量和效率。