惩罚罪犯的程序主要分为两大类：刑事处罚程序和监狱内部处罚程序。
刑事处罚程序
立案
公安机关接到报案、控告或举报，或其他机关移送的犯罪线索后，应当立即立案并进行初步调查取证。
如果初步调查认为有犯罪事实，公安机关应移送审查起诉机关。
侦查
有侦查权的机关立案后，进行一系列法定侦查行为，搜集有罪和无罪证据以及定罪量刑证据，查明案件事实。
侦查阶段可能采取刑事拘留、逮捕等强制措施。
审查起诉
侦查机关在法定期限内将案件整体移送到公诉机关。
公诉机关审查后，如认为有犯罪事实和证据，符合起诉条件，将向人民法院提起公诉。
审判
人民法院收到检察机关提起公诉的案件后，在法定期限内开庭审理。
开庭审理时，公诉人和辩护人进行辩论，法庭进行质证和调查，最终判决被告人是否有罪及刑罚大小。
上诉
被告人或其辩护人对一审判决不服时，可以在规定期限内向上一级法院提出上诉。
上级法院组成合议庭，对上诉案件进行审理，并作出终审判决。
执行判决
判决生效后，被告人应按判决书要求履行判决结果。
如果不履行，可以强制执行。
监狱内部处罚程序
对于监狱内的处罚，如警告、记过、禁闭等，程序如下：
搜集证据材料
由分监区搜集、整理证据材料并提出处罚建议。
审查
监区对处罚建议进行审查。
审核
监狱狱政部门对审查结果进行审核。
审批
分管副监狱长对审核结果进行审批。
公布处罚决定
处罚决定公布后，罪犯有异议的可以申请复议。监狱在五个工作日内复核完毕。
这些程序确保了从犯罪发生到最终刑罚执行的合法性和公正性。