单片机程序是以 二进制编码的形式存放在程序存储器中的。具体来说，单片机程序通常以二进制机器码的形式存在，这是因为单片机内部的各种逻辑电路和存储单元都是以二进制形式进行操作的。程序存储器中的每个地址单元都对应一个二进制数，这个二进制数就是单片机执行的一条指令或数据。
在编程单片机时，可以使用多种编程语言，包括C语言和汇编语言。这些高级语言编写的程序需要经过编译器转换成二进制机器码后，才能被单片机执行。因此，无论是使用C语言还是汇编语言编写的单片机程序，最终都是以二进制编码的形式存储在程序存储器中的。
总结来说，单片机程序以二进制编码的形式存放在程序存储器中，这是由单片机的硬件结构和操作方式决定的。