程序文件具有多种含义，具体如下：
计算机程序的文件
程序文件是计算机系统中存储软件程序的文件，包含了程序的代码、数据和其他相关资源，用于执行特定的任务或提供特定的功能。
程序文件可以是可执行文件（如.exe文件）、动态链接库（如.dll文件）、脚本文件（如.py文件、.js文件等）等不同的文件格式。
管理体系中的文件
在管理体系中，程序文件是质量手册的下一级文件层次，规定某项工作的一般过程。再下一级文件层次是作业指导书。
程序文件规定某个过程或某项工作的输入输出，以及各个部门的接口，是员工的工作指导，可用于新员工培训，也可用于部门间工作争议依据，也是三方审核的准则之一。
记录计算机程序运行和操作步骤的文件
程序文件也可以指记录计算机程序运行和操作步骤的文本文件，通常以文本形式存储在计算机系统中。它包含了程序的源代码、注释、变量定义、函数声明、配置参数等信息，是程序员编写程序的重要依据。
综上所述，程序文件可以是指计算机程序的文件，也可以是管理体系中规定的文件，或者是记录计算机程序运行和操作步骤的文件。具体含义需要根据上下文来判断。