税务检查的程序主要包括以下四个环节：
选案环节
由税务稽查局选案科筛选要进行税务稽查的对象。
选择完毕后，经稽查局局长批准，再将拟计划税务稽查的企业名单送至检查科进行检查。
检查环节
检查科根据选案科的企业名单，组织稽查人员实施税务稽查。
收集案件的证人证言、书面证据，整理制作《税务稽查报告》后，将案件移送至税务稽查局审理科。
审理环节
税务稽查检查结束后，审理科对案件进行审理。
对于检查人员的初步意见作出最终决定，形成结论性文书。
执行环节
税收执行部门根据税务处理决定书送达至当事人，要求当事人进行补缴税款。
待执行完毕税款入库后形成执行报告，并将缴款凭证复印件等资料交给案卷管理科室，进行入库保管。
此外，税务检查程序还可以细分为以下步骤：
查前准备阶段：
组织检查人员的配备和分工。
学习领会有关税收政策、法规和财务会计制度。
搜集和整理纳税人有关资料。
掌握并分析纳税人生产经营和财务收支情况。
拟定纳税检查计划和提纲。
检查进行阶段：
讲明来意和政策，争取得到纳税人的支持。
组织座谈、听取意见。
深入现场，掌握实情。
检查账证，查实问题。
进行外调，取证落实问题。
检查终结阶段：
整理资料、归类汇总。
落实定案，编写报告。
及时退补，调整账务。
提出改进工作的建议。
这些程序确保了税务检查的合法性、规范性和有效性，旨在维护税收秩序，保障国家财政收入。