机密文件的认定程序一般包括以下几个步骤：
确定密级
明确规定的密级：依据《保密法》和《实施办法》的相关规定，对于“保密范围”中有明确规定的事项，应直接根据这些规定确定其密级。这通常是确定国家秘密及其密级的主要方法。
不明确事项的密级拟定：对于不确定是否属于国家秘密或属于何种密级的事项，应先自行拟定密级，并采取保密措施。然后，在10日内视情况逐级上报有关业务主管机关或保密局。具体上报路径为：
属于主管业务方面的事项，上报至有确定密级权的上级业务主管机关。
属于其他方面的事项，上报至各级保密局，其中秘密级报到省所在地的市和国务院批准的较大的市的保密局确定；机密级报到省保密局确定；绝密级报国家保密局确定。
有争议事项的密级确定：对于存在多个机关单位对“保密范围”规定有不同理解和争议的事项，双方应按其中最高密级先行采取保密措施，并及时将各自意见上报至省以上保密局进行确定。
确定保密期限
在确定密级的同时，应根据具体需要确定保密期限。保密期限的确定应准确、具体，并符合《国家秘密保密期限的规定》。
密级和保密期限的标志
对于确定为国家秘密的文件、资料和其他物品，应按照《国家秘密标志的规定》对密级作出明确标志。如果无法标明密级，应由承办人员通知接触范围内的人员。
审批流程
文件、资料和其他物品的拟办意见由具体承办人员提出，并标明密级和期限标志。
承办人员在提交本机关、本系统主要领导或主管领导人审批前，应由本机关、本系统指定的具备审定国家秘密资格的定密责任人进行审核。
定密责任人审核后，由承办人员提交主要领导或主管领导人审批签发。领导签批后，文件、资料及其他物品即视为依法确定为国家秘密。
这些程序确保了机密文件的密级和保密期限得到准确、及时和规范的确定，从而保障国家安全和利益。