区长信箱的工作程序主要包括以下几个步骤：
签收
“区长信箱”由区政府办公室确定专人负责受理，对群众来信进行整理、登记。
受理
区政府办公室工作人员及时阅读来信，按照《信访条例》的规定，对来信进行分类，并通过赣州市信访热线服务系统及时转办。对重要来信摘报区政府领导阅批，并按照领导批示交有关单位处理。
办理
对咨询类来信可由区长手机信箱办公室或转交相关职能部门直接回复；
对反映一般问题需要作出调查处理的来信，由区长手机信箱办公室进行转办，有关单位按照转办要求办理；
对反映重要意见、建议和重要问题的来信，由区长手机信箱办公室摘报区政府领导阅批后交办有关单位处理。
分办
对网民留言，区人民政府督查室按照“属地优先、分级负责、归口办理”原则进行分办，通过宁夏回族自治区政务协同办公平台及时转交各承办单位办理；
“区长信箱”纸质信件由区政府办公室文书室登记后转督查室，按程序批办，批办后按最高领导批示分转至区人民政府工作部门、星海镇人民政府、街道办事处和驻地单位办理。
督办
承办单位接到群众反映的急、险事件应当立即办理，问题比较复杂的要在3天之内办结，特殊情况超时限的，须经有关领导批准。同时，提前向来件人说明原因，处理完毕后及时反馈。
评价反馈
经审核属于受理范围的信件，将在一定时限内反馈办理结果。
绩效管理
对区长信箱工作进行定期评价和绩效管理，确保工作质量和效率。
分析研判
对受理的信件进行分析研判，以便更好地了解群众需求和问题，改进工作方法和流程。
通过以上程序，区长信箱能够有效、及时地处理群众来信，增强政府与群众的沟通和联系，提升政府服务质量和效率。