特别程序文件的存在有多方面的原因和作用：
司法实践活动的总结与接轨
新《刑事诉讼法》设立特别程序是对我国司法实践活动的总结，并与世界各国司法制度进行接轨的表现。
提高刑事诉讼效率
从刑事司法实践角度来看，设置特别程序有利于刑事案件尽快审结，减少被告人羁押时间，节约司法资源，维护人权。
保护特定群体权益
新刑事诉讼法中关于未成年人刑事诉讼程序的设置，强化了对未成年当事人合法权益的特别关注和保护，体现了我国对未成年人权益保护的关注。
明确程序与职责
程序文件规定某个过程或某项工作的输入输出，以及各个部门的接口，是员工的工作指导和部门间工作争议的依据。
培训与指导
程序文件可以作为新员工培训的材料，帮助他们快速了解并适应工作环境。
质量管理与审核
在质量管理体系中，程序文件是质量手册的支持性文件，包含质量体系中采用的全部要素的要求和规定，用于阐明如何达成质量方针及质量目标。
数据存储与交换
在编程中，文件提供了一种持久化存储数据的方式，并便于数据交换和备份，是编程中不可或缺的一部分。
综上所述，特别程序文件在立法、司法、培训、质量管理和编程等多个方面都有其重要性和必要性。