工程款的支付流程一般分为两个部分：预付款支付流程和进度款支付流程。
预付款支付流程
施工单位提交《预付款支付申请表》给预算专员，施工单位项目经理要签字确认。
预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署预付款《工程款支付申请表》然后交给财务部。
财务部再次复核后，交给总经理和董事长审批，然后将审核审批通过的《工程款支付申请表》交给出纳安排付款。
进度款支付流程
施工单位先向工程部提交进度款《工程款支付申请表》，要求附上已完工程的预算书，一式叁份（工程部、预算办、财务部各一份），施工单位项目经理要签字。
工程部审核当月完成的部位及项目及相关工程量，审核完毕由工程部经理签字后交到预算专员。
预算专员审核已完成工程量，并审核工程预算价，确定当月完成工程造价，根据合同约定，审批工程款，然后预算专员签字确认。
预算专员将进度款《工程款支付申请表》上交财务部审核。
财务部审核无误后，将进度款《工程款支付申请表》交由总经理和董事长审批。
施工单位根据审核审批通过的进度款《工程款支付申请表》中的金额开具当地建安发票，发票需按进度款《工程款支付申请表》中的工程项目分别填开。
财务部收到发票后在三个工作日内付款。
此外，在工程竣工验收等程序履行完毕后，建设项目在竣工结算阶段，由施工单位提起竣工结算书后，经建设单位委托至造价审计审定，建设单位确认无误后支付乙方竣工结算款项。
建议：
施工单位应严格按照上述流程提交申请，确保所有文件完整、准确。
建设单位应加强内部审核流程，确保审核及时、有效。
双方应保持良好的沟通，确保工程款支付流程顺畅。