调阅机密文件的程序通常包括以下几个步骤：
办理申请手续
无论是查阅、复印还是摘抄机密文件，都需要先办理申请手续。这通常涉及填写一份申请表格，说明查阅或复制文件的目的和理由。
获得批准
申请需要得到相应级别的批准。对于机密文件，需要由副经理或经理批准。
遵守借阅规定
借阅机密文件必须在档案室进行，不得将文件带出档案室。如果需要借出档案室，必须办理借阅登记手续，并且重要档案需要得到本单位主要领导的批准。
借阅者不得在文件上圈划、涂改或增删内容，未经允许不得摘抄或复制档案。如果确实需要摘抄或复制，必须经分管领导批准，并且摘录的材料需要交由档案工作人员核对并登记注明件号。
传阅和归还
密级文件应按照规定的范围传达和阅读，不得自行扩大范围或向无关人员泄露文件内容。传阅秘密文件需要由机要人员填写传阅单，统一掌握，阅后主动退回，不要横传。对急办的文件，机要人员要及时催办。
绝密文件应当天交回，再用再借。借阅期限一般不超过一周，到期后仍需利用的，应向档案室说明情况，重新办理借阅手续。
特定场所阅读
秘密文件应在办公室或阅文室阅读，不得带到宿舍、医院或其他公共场所。
通过以上步骤，可以确保机密文件在调阅过程中得到妥善管理，防止泄露和不当使用。