在公务员录用体检期间发现怀孕的女性，应当采取以下程序：
及时告知体检医生：
一旦发现怀孕，女性报考者应及时告知体检医生，以便医生根据其身体状况合理安排体检项目，避免对孕妇和胎儿造成不良影响。
提供产检证明：
如果某些体检项目无法完成，可以向用人单位提供产检证明，说明原因，并请求延迟体检。用人单位应给予理解和支持，合理安排体检时间。
延期体检：
招录机关应对怀孕的女性报考者延期体检，并与报考者约定延缓体检的最长期限。可以申请一些项目产后体检，以确保怀孕不会影响录用。
咨询招考单位：
具体的处理方法和流程可能因招考单位而异，建议直接咨询相关单位的人事部门，了解详细的规定和流程，以确保顺利参加体检和后续的录用审批手续。
待生产后补检：
一般情况下，招考单位会要求女性在生育完毕后再进行体检，体检合格后进行政审，并最终拟聘用的。
保留体检名额：
在体检环节，妊娠期考生暂不进行某些体检项目，如妇科、放射等，但应在体检表中注明原因，待妊娠结束后补做上述检查，并由体检医院综合体检情况，做出体检合格与否的结论。
通过以上程序，女性报考者可以妥善处理怀孕期间的体检问题，确保自己的权益和录用机会。