医院违规操作的处理程序可以根据具体情况选择以下途径：
向卫生行政部门投诉
可以向当地的卫生局或医政科进行投诉。如果是在医院内部，可以到医院的医疗纠纷办公室或内部管理部门投诉。
对于诊所、医务室等小型机构，可以直接投诉到本县或本区的卫生局医政科，或者去医调委、司法部门。
向医药监督管理局投诉
医药监督管理局也负责监管医疗行业，可以向其投诉医院的违规操作。
向医疗协会投诉
可以向当地的医疗协会进行投诉，医疗协会通常也会介入调解医疗纠纷。
向检察院举报
如果医院违规操作触犯刑法，可以向检察院举报，由检察院进行调查和起诉。
向法院提起诉讼
如果医院违规操作对患者造成了人身损害，患者可以直接向法院提起诉讼，要求医院承担相应的法律责任。
拨打投诉电话
可以拨打全国统一的公共卫生举报及服务热线12320进行投诉，该热线会安排地方卫生主管机关查处所属医院的违法行为。
建议
收集证据：在投诉或起诉前，务必收集相关证据，如病历、检查报告、医院的违规操作记录等，以证明医院存在违规行为。
咨询律师：在处理复杂的法律问题时，建议咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保护。
注意时效：不同类型的违规操作可能有不同的时效规定，务必在规定的时间内采取行动，否则可能丧失胜诉权。
通过以上途径，可以有效地处理医院违规操作问题，维护患者和公众的合法权益。