政府会计运行程序主要包括以下几个方面：
国库集中支付业务
财政直接支付业务：
收到“财政直接支付入账通知书”时：
预算会计：借：行政支出/事业支出，贷：财政拨款预算收入
财务会计：借：库存物品/固定资产/应付职工薪酬/业务活动费用/单位管理费用，贷：财政拨款收入
年末：
预算会计：借：资金结存—财政应返还额度，贷：财政拨款预算收入
财务会计：借：财政应返还额度—财政直接支付，贷：财政拨款收入
下年度，恢复财政直接支付额度后：
单位以财政直接支付方式发生实际支出：
预算会计：借：行政支出/事业支出，贷：资金结存—财政应返还额度
财务会计：借：库存物品/固定资产/应付职工薪酬/业务活动费用/单位管理费用，贷：财政应返还额度—财政直接支付
财政授权支付业务：
收到代理银行盖章的“授权支付到账通知书”时：
预算会计：借：资金结存—零余额账户用款额度，贷：财政拨款预算收入
财务会计：借：零余额账户用款额度【通知书所列金额】，贷：财政拨款收入
按规定支用额度时：
预算会计：借：行政支出/事业支出，贷：资金结存—零余额账户用款额度
财务会计：借：库存物品/固定资产/应付职工薪酬/业务活动费用/单位管理费用，贷：零余额账户用款额度
年末，依据代理银行提供的对账单作注销额度的账务处理：
预算会计：借：资金结存—财政应返还额度，贷：资金结存—零余额账户用款额度
财务会计：借：财政应返还额度—财政授权支付，贷：零余额账户用款额度
会计账务处理程序
根据原始凭证登记记账凭证
根据有关现金出纳的原始凭证登记现金日记账，并编制库存现金日报表，据以编制记账凭证
根据记账凭证直接登记总账，或者根据记账凭证定期编制科目汇总表，并据以登记总账
现金日记账、明细账、总账核对，再根据总账和明细账编制会计报表
“平行记账”及会计期末结转流程
“双功能、双基础、双报告”核算模式：基于相同的会计原始凭证，在同一会计账套下实现账账、账证、账表、账实相互衔接并核对相符的模式
平行记账及会计期末结转科目关联性梳理
这些程序和方法共同构成了政府会计的运行机制，确保政府财政收支的数目、性质、用途、关系和过程能够全面而准确地记录与整理，同时反映预算执行情况。