代理总经理的程序通常涉及以下几个步骤：
任命程序
由公司董事会任命代理总经理，并确保按照公司章程和相关法律法规的规定进行。
提交必要文件
由公司法人代表签署的《公司变更登记申请书》及加盖公章。
《变更登记附表——法定代表人信息》及加盖公章。
《指定代表或者共同委托代理人的证明》及指定代表或委托代理人的身份证明文件复印件。
原任法定代表人的免职证明及新任法定代表人的任职证明。
董事会决议（如适用）。
相关批准文件或许可证书复印件（如适用）。
修改后的公司章程或公司章程修正案。
营业执照副本。
内部程序
董事会或相关委员会需召开会议，讨论并批准代理总经理的任命。
公司内部需进行必要的通知和公告，确保所有相关方了解代理总经理的任命情况。
外部登记
将上述所有文件提交至相关政府部门进行变更登记，包括工商行政管理局或其他相关部门。
备案
完成变更登记后，需将相关文件备案，确保所有变更信息得到官方记录。
交接工作
原任总经理需与代理总经理进行工作交接，确保代理总经理能够顺利接管公司运营。
建议在任命代理总经理时，确保所有程序符合公司章程和相关法律法规的要求，以保障公司运营的合法性和稳定性。