深圳的疫情防控程序主要包括以下几个步骤：
疫情预警和信息收集
当出现疑似病例时，本地疾控中心进行进行核酸检测确诊，并进行接触者的排查和流调工作，以掌握疫情动态信息并及时发布疫情通报。
建立疫情处置工作组和指挥部
收到预警信息后，深圳市成立由市委书记、市长等重要领导带领的应对小组，并建立疫情处置指挥中心，分配各部门职责并协调各地资源。
实施控制措施
明确应对策略，包括分区、分级、分时进行限制、推迟和取消大型活动和聚集性场所，同时实施严格的个人防护措施和社区管理措施，并根据疫情实际情况开展物资储备、人员培训和公众教育。
应急响应工作的监管和评估
建立完善的监管和评估机制，包括检查防控情况、追踪案例、收集数据、分析结果并不断改进。
来（返）深人员健康管理
强化来（返）深人员的健康管理，要求近7天内有中高风险地区和本土阳性病例报告地市旅居史的人员第一时间报告，并进行核酸检测和健康申报。
健康申报和核酸检测
所有来（返）深人员需提前通过“深i您”小程序进行行程和健康申报，并在抵深后24小时内进行新冠病毒核酸检测，完成“三天三检三不”（不聚会、不聚餐、不前往人群密集场所）。
高风险区防控措施
高风险区采取“足不出户、上门服务”的防控措施，严格做到足不出户，对因就医等确需外出人员实行专人专车，全程做好个人防护，落实闭环管理。
低风险区防控措施
低风险区采取“个人防护、避免聚集”的防控措施，区域内各类人员由社区安排开展核酸检测“一天一检”，倡导非必要不离开本区域，跨市流动须持48小时内核酸检测阴性证明。
交通场站和公共交通工具防控
进入全市交通场站、乘坐公共交通工具等须凭48小时核酸检测阴性证明或当日核酸采样凭证，各类卡口24小时值守，严格执行各项防疫措施。
企业疫情防控
制定企业疫情防控流程，明确企业疫情防控责任，加强指导服务，全力做好企业复工复产复市的安全防疫工作。
这些措施旨在通过科学精准的管理，实现“外防输入、内防反弹”的总策略和“动态清零”的总方针，确保深圳市的疫情防控工作有序进行。