转基因育种程序主要包括以下几个步骤：
目的基因或DNA的获得
根据育种目标，从供体生物中分离目的基因。
可以通过从基因组DNA或mRNA序列克隆基因，或者利用其他技术如Cas系统进行精确的基因编辑来获得目的基因。
重组质粒的构建
将含有目的基因的DNA片段与载体（如质粒）进行体外重组，形成重组质粒。
载体通常包含筛选标记基因，以便于后续筛选和鉴定转基因生物。
转化
将重组质粒通过不同的转化方法（如农杆菌转化、基因枪轰击、花粉管通道等）转入到受体作物细胞中。
筛选和鉴定
对转化后的细胞或植株进行筛选，以确定哪些细胞或植株成功整合了目的基因。
可以通过标记基因的表达、PCR检测、蛋白表达分析等方法进行鉴定。
育种利用
将筛选出的转基因植株通过常规育种方法（如回交、自交等）进行育种，以获得具有优良性状的后代。
对后代进行多代选择和测试，以筛选出最优的转基因品系。
田间试验与大田选择
对转基因植株进行田间试验，评估其农艺性状、抗性和产量等表现。
根据试验结果选择表现优异的转基因品系进行进一步的大田推广和生产。
这些步骤共同构成了转基因育种的基本流程，通过这些步骤可以实现优良基因的转移和聚合，最终培育出具有优良性状的转基因新品种或种质资源。